PureBoard

Mit Paint.NET:
Neues Bild, Neue Ebene hinzufügen, alte Hintergrundebene löschen.
Dann hast Du einen transparenten Hintergrund, auf dem Du dann
zeichnen und einfügen kannst.

@helpy
Danke für den Tip mit Inkscape. Ist ein wirklich gutes Programm zum bearbeiten von SVGs

Gimp: Zauberstab auf den Bereich, den Du transparent haben möchtest. Dann ENTF. Nun die Auswahl um etwa 1 bis 2 Pixel vergrößern und schlussendlich den gaußschen Weichzeichner (unter Filter) arbeiten lassen. Nun wirst Du schön weiche Kanten haben (ein bisschen experimentieren, welche Werte Du magst).

Probleme habe ich bei runden Kanten. Wenn ich den Bereich, den ich transparent haben möchte, einfach mit dem "Zauberstab" auswähle und dann mit dem Eimer Margenta drüber kippe, habe ich am Übergang zwischen Bild und Transparentteil einen hässlichen unge-antialias-ten Treppeneffekt.

Dieser hässliche Übergang bleibt dir immer erhalten wenn das Sprite transparent erscheinen soll.
Schaff dir ein anderes freies Programm an, dann klappt es auch mit der Nachbarin..., also ohne Alpha...