Dans l'ide, dans les préférences, Fichier/Préférences…\Editeur, on peut définir un dossier source dans "Répertoire source:", ce qui permet de toujours tomber dans ce répertoire quand on fait "Fichier/Ouvrir".
J'aimerais bien avoir la même chose pour le dossier destination, pendant un "Fichier/Enregistrer sous…" et pour "Fichier/Enregistrer".
En attendant, il est possible de modifier la boîte de dialogue "Enregistrer sous" de Windows pour y ajouter ses propres raccourcis vers ses propres dossiers comme ici:
Mesa.