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;Esto es un programa que usa el algoritmo más tonto para hacer lo que sigue:
;Se trata de encontrar toda secuencia coincidente entre un fichero 'fil0$' y otro 'fil1$'
;la LONGITUD MINIMA de la secuencia se da como entrada.
; a ver si a alguien se le ocurre un algoritmo, medio decente al menos, para hacer esto.

Procedure.q leedato(fil,*store.ascii,tamano.u)
  Protected dato.a,n.u,punto.q=0
  For n=0 to tamano-1
    If Eof(fil):ProcedureReturn 0:EndIf
    dato.a=ReadAsciiCharacter(fil)
    While dato<'A' Or dato>'z' Or (dato>'Z' And dato<'a')
      If Eof(fil):ProcedureReturn 0:EndIf
      dato.a=ReadAsciiCharacter(fil)
    Wend
    PokeA(*store.ascii+n,dato.a):If n=0:punto.q=Loc(fil):EndIf
  Next
  ProcedureReturn punto.q
EndProcedure
fil0$="D:\Genoma SARS-CoV-2.txt"
; fil1$="D:\Genoma VIH-1.txt"
fil1$="D:\Genoma VIH-2.txt"
Readfile(0,fil0$,#PB_Ascii)
Readfile(1,fil1$,#PB_Ascii)
tamanobloque.u=10; <- minimum size of string to find
*almacen.ascii=AllocateMemory(1024,#PB_Memory_NoClear)
*almacen2.ascii=AllocateMemory(1024,#PB_Memory_NoClear)
posinit0.q=18937:posinit1.q=9862; <- starting positions in each file
pos0.q=posinit0.q:pos1.q=posinit1.q
OpenConsole("encuentros",#PB_Ascii)
FileSeek(0,posinit0.q,#PB_Absolute)
While Eof(0)=0
  pos0=leedato(0,*almacen.ascii,tamanobloque.u)
  If pos0=0:Break:EndIf
  FileSeek(1,posinit1.q,#PB_Absolute)
  matchesinfil1.q=0
  While Eof(1)=0
    pos1=leedato(1,*almacen2.ascii,tamanobloque.u)
    If pos1=0:Break:EndIf
    If CompareMemory(*almacen.ascii,*almacen2.ascii,tamanobloque.u):matchesinfil1.q+1
      pushpos0.q=Loc(0)
      n.u=0
      dato.a=ReadAsciiCharacter(0)
      dato1.a=ReadAsciiCharacter(1)
      If Eof(0) Or Eof(1):Break 2:EndIf
      While dato=dato1 And (dato>='A' And dato<='z') And (dato<='Z' Or dato>='a')
        PokeA(*almacen.ascii+tamanobloque.u+n,dato)
        PokeA(*almacen2.ascii+tamanobloque.u+n,dato1)
        n.u+1
        dato.a=ReadAsciiCharacter(0)
        dato1.a=ReadAsciiCharacter(1)
        If Eof(0) Or Eof(1):Break 3:EndIf
      Wend
      If n:Beep_(444+n*100,100):EndIf
      FileSeek(0,pushpos0,#PB_Absolute)
      pos1=Loc(1)-1
      PrintN("Match#: "+Str(matchesinfil1.q)+", Pos in SARS-CoV-2: "+Hex(pos0-posinit0)+", Pos in VIH-2: "+Hex(pos1-posinit1)+", String: "+PeekS(*almacen.ascii,tamanobloque.u+n.u,#PB_Ascii))
    EndIf
    FileSeek(1,pos1,#PB_Absolute)
  Wend
  If matchesinfil1.q:pos0+tamanobloque.u+matchesinfil1.q:EndIf
  FileSeek(0,pos0,#PB_Absolute)
Wend
Beep_(811,1200)
PrintN("End of data reached. Press return to exit"):Input()
CloseConsole()
FreeMemory(*almacen2.ascii)
FreeMemory(*almacen.ascii)
CloseFile(1)
CloseFile(0)